传统的赖氨酸生产工艺，一般采用传统的发酵罐，由于以前罐形设计技术的无法克服的先天性缺陷，逃料严重，且发酵尾气对环境造成污染。新获得国家发明专利的“一种98.5%赖氨酸盐酸盐的提取工艺”，其先进性在于：新式发酵罐设计新颖合理，加装了先进的防逃料智能装置，对发酵尾气进行了碱洗回再排放，能做到发酵不逃液，基本消除了对空气的污染；发酵罐放罐出料直接经精密过滤系统过滤，回收率接近100%。整个新工艺全过程实现了“三无”排放，即：除了最终产品赖氨酸盐、硫酸盐、副产品硫酸铵，液体肥料外，无其他任何固体外排；除了系统少量冷凝水及清理卫生的水之外无多余废水排放；发酵及烘干尾气经处理后外排放，对环境无任何污染，真正做到了循环利用，清洁生产。
加大投入占领科技创新制高点。一直以来，东晓生物立足行业实际，大力实行科技创新，先后投入6000万元建成10000平方米国内先进的研发中心，增设了单独的微生物提取、分离、培养研发实验室等，并配备先进的啤酒研发设备；2015年投入科研经费4600万元，为企业技术创新提供雄厚的资金支持。该公司通过不断充实和调整，已建成具有超前研发能力、吸引凝聚人才，以及为企业和社会创造显著经济效益的高标准、高水平的技术中心，占领行业技术创新制高点，从根本上增强了企业的核心竞争力，推动企业快速发展。
加强科技人才队伍建设。东晓生物公司从战略和全局的高度出发，加强技术中心科技人才队伍建设，不断创新科技人才工作机制、管理机制，组建了一支科技创新能力强、综合素质高、结构合理、配置科学的一流科技人才队伍。与齐鲁工业大学联合建立产学研基地、生物发酵工程研究院，招聘专业大学生120余人，引进安徽丰源氨基酸生物发酵工程专家团队30余人，优秀的研发团队，使企业技术进步得以突飞猛进地发展。该公司先后参入了“发酵法氨基酸良好生产规范”、“葡萄糖酸钠单位产品能源单耗限额”国家标准的制定。
科技创新成就裴然。东晓生物现拥有省级科技鉴定成果3项，山东省科技进步奖1项、全国工商联科技进步奖优秀奖1项、申请国家发明专利8项、实用新型专利16项、山东省技术创新项目5项，拥有省级淀粉糖清洁生产工程技术研究中心、潍坊市淀粉糖工业设计中心、潍坊市赤藓糖醇工程技术研究中心，2013年东晓牌被评为山东省著名商标。通过马德里国际商标注册，分别在菲律宾、韩国、日本、越南、俄罗斯、澳大利亚、美国等7个国家注册商标。该公司先后通过了ISO9001、ISO1400、ISO22000食品安全管理体系认证、HACC、能源管理体系评价、社会责任体系认证、英国RC认证、非转基因IP认证、犹太洁食认证和伊斯兰清真认证等资质认证，并通过了山东省出入境检验检疫局出口食品生产企业卫生注册，获得了行业“节能环保示范企业”、山东省高新技术企业、山东省农业产业化重点龙头企业、山东省科技兴贸出口创新基地、淀粉糖20强企业等荣誉称号。
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